김치 연구소는 소장, 운영위원회, 4개 연구부, 12개 연구실의 조직으로 운영하되, 상임연구원, 전임연구원, 객원연구원, 보조연구원, 행정실원으로 연구 및 기타 업무를 수행하게 됩니다.
본 연구소는 김치 관련 발효학, 영양학, 생리학, 가공학, 조리학 및 관능검사, 미생물학 등의 여러 분야에 있어서 학문 분야 간의 학제적 접근방식과 산업체와의 산학협동적 접근 방식으로 연구 및 각종 지원활동을 극대화하고 있습니다. 그리고 대외적으로 부산, 영호남 지역 및 전국의 대학교 및 연구기관들과 긴밀한 유대관계를 유지하면서 관련 전문가들과 공동으로 모든 사업을 추진합니다. 이와 같은 업무를 효과적으로 추진하기 위하여 다음과 같은 김치 연구소 조직을 운영합니다.